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    北京基因組所開(kāi)發(fā)首個(gè)實(shí)時(shí)定量PCR內參基因知識庫

    [2017/10/17]

        近日，中國科學(xué)院北京基因組研究所生命與健康大數據中心開(kāi)發(fā)了國際上首個(gè)實(shí)時(shí)定量PCR內參基因知識庫——ICG。該知識庫基于群體審編策略，對經(jīng)生物學(xué)實(shí)驗手段鑒定出的內參基因及其應用場(chǎng)景實(shí)現了有效的挖掘、整合及注釋。研究成果以ICG:a wiki-driven knowledgebase of internal control genes for RT-qPCR normalization為題，在線(xiàn)發(fā)表在Nucleic Acids Research上。
     
    　　實(shí)時(shí)定量PCR是一種能夠對目標基因的表達量進(jìn)行準確定量分析的實(shí)驗技術(shù)。與傳統的基因表達檢測方法相比，該技術(shù)具有靈敏度高、特異性強、低樣品需求量及檢測范圍廣等特點(diǎn)。實(shí)時(shí)定量PCR技術(shù)已被廣泛應用于分子生物學(xué)研究中。為了有效地降低實(shí)驗偏差，保證其結果的準確性，該技術(shù)依賴(lài)于穩定的內參基因以便對其結果進(jìn)行標準化分析。研究表明，內參基因具有強烈的條件特異性，因此在不同條件下篩選出合理的內參基因是有效地應用實(shí)時(shí)定量PCR技術(shù)的先決條件。
     
    　　近年來(lái)，隨著(zhù)實(shí)時(shí)定量PCR技術(shù)的普及，科學(xué)家們已在多個(gè)物種特定組織、發(fā)育時(shí)期、不同實(shí)驗條件或病理狀態(tài)下的內參基因進(jìn)行了篩選及鑒定。挖掘內參基因是一項繁瑣的工作，依賴(lài)于精確的實(shí)驗設計并配合一系列嚴謹的算法綜合分析才能完成。為此，對海量文獻中所報道的寶貴的內參基因資源及其對應的應用場(chǎng)景實(shí)現有效地挖掘及整合具有重要意義。目前，ICG收錄了來(lái)自209個(gè)物種的內參基因，涉及73種動(dòng)物，115種植物，12種真菌及9種細菌。該知識庫提供了豐富的實(shí)時(shí)定量PCR內參基因信息，如引物序列、擴增長(cháng)度、推薦的應用場(chǎng)景、退火溫度、熒光染料，及該內參基因在相關(guān)論文中的引用情況等，以幫助分子生物學(xué)家們針對其各自的實(shí)驗目的來(lái)定制出合理的標準化分析策略。ICG不僅為蛋白質(zhì)編碼基因的表達模式研究提供實(shí)時(shí)定量PCR技術(shù)的標準化分析方案，也關(guān)注非編碼RNA(如miRNA和circular RNA)的表達分析研究。
     
    　　一方面，ICG通過(guò)引入維基系統，在海量生物數據急速增長(cháng)的背景下將提高生命科學(xué)審編人員對數據搜集、整合及共享的效率；另一方面，ICG為用戶(hù)們提供了靈活的數據查詢(xún)方式、友好的知識展示界面及免費的數據下載服務(wù)�？蒲腥藛T將在每年定期地對ICG進(jìn)行更新，以期望能夠不斷地為分子生物學(xué)家們提供關(guān)于實(shí)時(shí)定量PCR內參基因最新的相關(guān)信息。ICG最終的目標是構建出一部詳盡地記錄模式生物及非模式生物中實(shí)時(shí)定量PCR內參基因及其相關(guān)信息的百科全書(shū)。
     
    　　研究工作得到了中科院戰略性先導科技專(zhuān)項、中科院國際大科學(xué)計劃、國家科技攻關(guān)計劃、國家863項目、國家自然基金項目、中科院百人計劃等的資助。
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