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實(shí)驗室儀器
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基因測序揭示12種癌癥的遺傳易感性(含具體數據)
[2015/12/25]
12月22日《Nature Communications》雜志上的一項研究闡述了12種癌癥的遺傳性,意外發(fā)現胃癌遺傳概率與乳腺癌等同,同時(shí)還揭示了乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2突變對其他癌癥的影響。
12種癌癥的遺傳性(遺傳性易感性)
長(cháng)期以來(lái),眾所周知癌癥的部分風(fēng)險因素為遺傳,且遺傳突變在不同腫瘤中的重要性也不一致。華盛頓大學(xué)醫學(xué)院研究人員析了4000多個(gè)癌癥病例的基因信息,以研究癌癥的遺傳性。這些4000多個(gè)病例均來(lái)自美國國立衛生研究院(NIH)組織的癌癥基因組圖譜項目。
過(guò)去的癌癥基因組研究主要是比較健康組織與癌變組織的測序結果,幫助研究人員確定哪些基因在癌癥的發(fā)展過(guò)程中扮演重要的角色,但這種分析不能區分遺傳突變是天生的還是后天形成的。
為了梳理癌癥的遺傳分量,研究人員在該研究中加入了包含患者胚胎信息的正常細胞相關(guān)測序數據的分析;颊呱臣毎祦(lái)自于父母,可揭示先天性的遺傳信息,判斷與癌癥相關(guān)的突變是否與生俱來(lái)。
本文資深作者,華盛頓大學(xué)McDonnell基因研究所醫學(xué)教授Li Ding博士說(shuō),“總體而言,我們已經(jīng)知道卵巢癌和乳腺癌有一個(gè)重要的遺傳因素,但其他類(lèi)型的癌癥,如急性髓系白血病、肺癌等的遺傳性小一些!
研究人員在所有的分析病例中尋找已知的與癌癥相關(guān)的罕見(jiàn)生殖系突變。若出生時(shí)其中一個(gè)親本的一個(gè)基因中的一個(gè)拷貝發(fā)生了突變,來(lái)自另一個(gè)親本的正?截愅ǔ?蓪⒃撊毕菅谏w,但攜帶這種突變的個(gè)體更容易受到“第二次攻擊”,隨著(zhù)年齡的增長(cháng),正?截惖幕虬l(fā)生突變的風(fēng)險值越高。
在與癌癥相關(guān)的已知的114個(gè)基因中,研究人員發(fā)現了12種癌癥的種系突變,但突變頻率取決于癌癥的類(lèi)型。研究人員專(zhuān)注于一種稱(chēng)為“截斷(truncation)”的突變類(lèi)型,因為大部分的截短基因(truncated gene)是不發(fā)揮功能的。這12種癌癥的遺傳性如下表所示:
LUNG1為肺鱗狀細胞癌,LUNG2為肺腺癌
在本次調查中,19%的卵巢癌病例攜帶罕見(jiàn)的生殖系“截斷”突變,相比之下,僅有4%的急性髓系白血病患者攜帶這種突變,同時(shí)研究人員發(fā)現胃癌患者攜帶這種突變的概率為11%,與乳腺癌患者相當。該研究結果可提高癌癥風(fēng)險基因檢測的準確性。
乳腺癌易感基因BRCA1和BRCA2可能影響其他癌癥的形成
BRCA1和BRCA2基因對DNA修復很重要,且一直以來(lái)被認為與乳腺癌風(fēng)險相關(guān),但該研究揭示了這兩個(gè)基因可能有更廣泛的影響。
“我們發(fā)現大量的BRCA1和BRCA2基因生殖系’截斷’突變發(fā)生于乳腺癌以外的腫瘤,包括胃癌和前列腺癌”,Ding說(shuō),“這表明我們應注意這兩個(gè)基因可能潛在地參與了其他類(lèi)型癌癥的發(fā)展。BRCA1基因發(fā)生生殖系截斷突變的患者,90%的BRCA1截斷突變在腫瘤組織中擴增,且與癌癥類(lèi)型無(wú)關(guān)!
對已知乳腺癌風(fēng)險高的女性進(jìn)行BRCA1和BRCA2基因檢測可提供重要的預防信息。例如,當基因型正常時(shí)乳腺癌遺傳風(fēng)險值不會(huì )升高,但如果其中一個(gè)基因發(fā)生了一些可使另外一個(gè)基因失效的突變,那么乳腺癌風(fēng)險會(huì )大大增加。
突變的類(lèi)型多種多樣,基因測序還可揭示這些基因突變的許多未知結果,且目前這些突變對癌癥風(fēng)險的影響也是無(wú)法預測的。為了弄清臨床實(shí)踐中的灰色地帶,Ding及其同事俄亥俄州立大學(xué)計算機生物學(xué)和生物信息學(xué)家Jeffrey Parvin博士和華盛頓大學(xué)醫學(xué)教授Feng Chen博士研究了BRAC1基因中意義不明確的68個(gè)種系非截斷突變體。對于每一種突變,研究人員均測試了BRAC1蛋白如何執行其DNA修復的功能,結果發(fā)現其中6個(gè)突變體表現出了完全截斷效應——使基因完全失效,且這些突變在腫瘤中含量非常豐富,在癌癥發(fā)展中可能扮演著(zhù)不同的角色。
Ding表示,“揭示這六個(gè)未知突變的臨床意義非常重要(實(shí)際上它們是導致基因功能喪失的突變)。但同時(shí)我想強調結果的對比性,許多類(lèi)型的突變(至少在我們的研究中)是中性的,我們想將其識別出來(lái)使衛生保健提供者能給患者提出更好的建議。但將此研究結果納入臨床之前還需更多的研究來(lái)證實(shí)!