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    史上最精準的測序技術(shù)誕生啦!

    [2015/4/16]

      傳統的高通量測序會(huì )產(chǎn)生不少錯誤,掩蓋基因組中的罕見(jiàn)突變。前不久科學(xué)家們開(kāi)發(fā)了一種新測序法,能夠成功從背景噪音中分離出信號,實(shí)現極為準確的測序。

      腫瘤是異質(zhì)性細胞的混合體,測序可以檢測其中的罕見(jiàn)突變,但成本較高而且容易出現錯誤。華盛頓大學(xué)的研究團隊為此開(kāi)發(fā)了新測序技術(shù),將靶序列純化與高精度的DNA測序法結合起來(lái)。這一成果發(fā)表在近日的Nature Methods雜志上。

      “這一技術(shù)可以幫助人們檢測那些能夠抵抗靶向性藥物的突變,更好的監控癌癥復發(fā)情況,”文章的資深作者,華盛頓大學(xué)的Lawrence Loeb說(shuō)!八梢耘c全基因組測序結合,為癌癥治療提供指導性的信息!

      這一測序技術(shù)主要是用生物素化的DNA寡核苷酸進(jìn)行兩輪捕獲,然后進(jìn)行雙重測序。雙重測序是Loeb等人之前開(kāi)發(fā)的高精度測序技術(shù),使用特殊的分子標簽分別擴增和測序DNA的兩條鏈。如果兩條鏈同一個(gè)位置上出現突變,該突變就被認為是真實(shí)的;如果只在一條鏈上出現突變,該突變就被認為是測序錯誤。

      研究人員使用生物素化的探針,在人類(lèi)基因組中捕獲ABL1基因的外顯子。ABL1基因與伊馬替尼(imatinib)抗性有關(guān),伊馬替尼是一種治療慢性粒細胞白血病CML的藥物。他們通過(guò)兩輪捕獲得到了極高的測序深度和覆蓋度(與傳統方法相比)。(延伸閱讀:遺傳學(xué)大牛Nature發(fā)表新技術(shù):?jiǎn)畏肿踊プ鳒y序)

      研究人員選擇的是一名在接受伊馬替尼治療后復發(fā)的CML患者。傳統高通量測序沒(méi)有檢測出任何與藥物抗性有關(guān)的突變,而他們的新技術(shù)鑒定到了E279K突變,已知這個(gè)突變能夠抵抗伊馬替尼。

      對外顯子組或者基因組進(jìn)行雙重測序的成本很高,但這種技術(shù)很適合測序較小的基因組區域,比如某個(gè)人類(lèi)外顯子或者人類(lèi)樣本中的病毒序列。

      研究人員準備用這一技術(shù)在不同癌癥患者中研究他們對藥物的敏感性和疾病復發(fā)的風(fēng)險。他們還將進(jìn)一步優(yōu)化這一技術(shù),以便測序單個(gè)循環(huán)腫瘤細胞!俺税┌Y以外,這個(gè)技術(shù)還可以用于法醫檢測,”文章的第一作者,華盛頓大學(xué)的Michael Schmitt說(shuō)!斑@一技術(shù)可以幫助人們解決更多的生物學(xué)問(wèn)題!


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