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實(shí)驗室儀器
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普通PCR、梯度PCR、熒光定量PCR儀的區別及運用
[2015/11/12]
PCR:即合酶鏈式反應(Polymerase Chain Reaction),利用DNA在體外95℃時(shí)解旋(變性),55℃時(shí)引物與單鏈按堿基互補配對的原則結合(退火),再調溫度至72℃左右,DNA聚合酶沿著(zhù)磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互補鏈(延伸)。
PCR儀實(shí)際就是一個(gè)溫控設備,能在95℃,55℃,72℃之間很好地進(jìn)行溫度控制。
根據DNA擴增的目的和檢測的標準可以將PCR儀分為:普通PCR儀,梯度PCR儀,原位PCR,實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀等幾類(lèi)。
普通PCR儀:
一般把一次PCR擴增只能運行一個(gè)特定退火溫度的PCR儀,稱(chēng)之為普通PCR儀,也就是傳統的PCR儀。如果要用它做不同的退火溫度則需要多次運行。
普通PCR儀主要應用于科研、教學(xué)、臨床醫學(xué)、檢驗、檢疫等。
梯度PCR儀:
一次性PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件(通常12種溫度梯度)的稱(chēng)之為梯度PCR儀。不同的DNA片段其最適合的退火溫度不同,通過(guò)設置一系列的梯度退火溫度進(jìn)行擴增,從而一次性PCR擴增就可以篩選出表達量高的最適合退火溫度進(jìn)行有效的擴增。
梯度PCR儀主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增,這樣既節約時(shí)間,也節約成本。在不設置梯度的情況下亦可當做普通的PCR用。梯度PCR儀多應用于科研、教學(xué)機構,檢驗、檢疫等。
原位PCR儀:
PCR是提取細胞或組織中的DNA進(jìn)行基因擴增反應,而原位PCR是保持細胞或組織的完整性,使PCR反應體系滲透到組織和細胞中,在細胞的靶DNA所在的位置上進(jìn)行基因擴增。不但可以檢測到靶DNA,而且還可以了解靶DNA存在于何種細胞中,更有利于探討靶DNA與細胞之間的關(guān)系。
原位PCR儀,主要應用于:(1)檢測外源性基因片段,提高檢出率,集中在病毒感染的檢查上,如HIV、HPV、HBV、CMV等;(2)觀(guān)察病原體在體內分布規律(3)內源性基因片段,如人體的單基因病、重組基因、易位的染色體、Ig的mRNA片段、癌基因片段等。(4)檢測導入基因;(5)遺傳病基因檢測如β-地中海貧血。
實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀:
在普通PCR儀設計基礎上增加熒光信號采集系統和計算機分析處理系統,形成了具有熒光定量功能的PCR儀器。其PCR擴增原理和普通PCR擴增原理相同,在PCR擴增時(shí)加入的引物是利用同位素、熒光素等進(jìn)行標記,使用引物和熒光探針同時(shí)與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過(guò)熒光信號采集系統實(shí)時(shí)采集信號連接輸送到計算機分析處理系統,得出量化的實(shí)時(shí)結果輸出。
熒光定量PCR儀有單通道,雙通道和多通道之分。當只用一種熒光探針標記的時(shí)候,選用單通道;有多種熒光標記的時(shí)候使用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標記和目的基因表達產(chǎn)物,因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量,需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片段的量。多通道利于做多重PCR,實(shí)現一次檢測多種目的基因的功能。
熒光定量PCR儀主要應用于臨床醫學(xué)檢測、生物醫藥研發(fā)、食品行業(yè)、科研院校等。熒光定量檢測技術(shù)在臨床診斷方面很多,主要集中在各種病原體引起疾病的臨床診斷,如肝炎類(lèi)疾病、性病、與優(yōu)生優(yōu)育相關(guān)的疾病以及肺結核等等。